«Лето, когда умер Хикару» — это история о том, как тишина маленькой деревни может скрывать самую необъяснимую тайну. Все начинается с того, что обычный парень Хикару возвращается после загадочного исчезновения в горах. Он выглядит целым и невредимым, но его лучший друг Ёсики чувствует, что в нем что-то изменилось навсегда.
Полгода молчания и неловких взглядов заканчиваются, когда Ёсики решается задать прямой вопрос. Ответ переворачивает его мир с ног на голову. Тот, кто смотрит на него глазами друга, — не Хикару. Это нечто иное, чужое, пытающееся изо всех сил казаться человеком и не навредить тому, кто был дорог его телу. Несмотря на шок, между ними возникает хрупкое соглашение — продолжать жить как прежде.
Но притворяться, что ничего не случилось, оказывается невозможно. Вскоре в, казалось бы, сонной деревне начинают происходить вещи, которым нет логичного объяснения. Дружба Ёсики и того, кто занял место Хикару, становится единственной нитью, связывающей их с привычной жизнью, пока вокруг нарастает тихая, но неотвратимая странность.